À medida que o poder computacional aumenta e se torna mais acessível, a era da bioinformática acelera a nossa capacidade de entender e enfrentar os desafios que o grande volume de dados gerados por áreas como genética e epidemiologia impõem. Várias promessas já estão surgindo, afinal a bioinformática é um campo extremamente vasto que combina diversas áreas como matemática, estatística, ciência da computação e biologia para a condução de análises de dados. No entanto nota-se uma carência muito grande de estudos comparativos entre ambientes de virtualização para ferramentas de bioinformática. Este trabalho tem como proposta um estudo analítico entre as principais ferramentas de containers da atualidade e como as ferramentas de alinhamento de alto nível de processamento impactam sobre esses ambientes. Foram comparados os containers docker e singularity com base nas métricas de tempo de execução, máximo de utilização de recursos por núcleo de cpu, média de utilização por núcleo de cpu e, gasto médio de memória do sistema durante o período de execução das ferramentas. Concluiu-se com este trabalho que ambos os containers possuem diferenças mínimas mas que, não alteram os resultados de maneira significativa, correspondendo a menos de um porcento, sendo as maiores diferenças registradas, entre os algoritmos escolhidos entre as ferramentas de alinhamento.