Análise comparativa de containers para ferramentas de alinhamento de bioinformática

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dc.contributor.advisorRestovic, Maria Inés Valderrama
dc.contributor.authorBritto, Murilo Batista Improta
dc.contributor.refereeAtta, Antônio Carlos Fontes
dc.contributor.refereeMascarenhas, Ana Patrícia Fontes Magalhães
dc.date.accessioned2024-10-29T17:16:36Z
dc.date.available2024-10-29T17:16:36Z
dc.date.issued2023-12-14
dc.description.abstractÀ medida que o poder computacional aumenta e se torna mais acessível, a era da bioinformática acelera a nossa capacidade de entender e enfrentar os desafios que o grande volume de dados gerados por áreas como genética e epidemiologia impõem. Várias promessas já estão surgindo, afinal a bioinformática é um campo extremamente vasto que combina diversas áreas como matemática, estatística, ciência da computação e biologia para a condução de análises de dados. No entanto nota-se uma carência muito grande de estudos comparativos entre ambientes de virtualização para ferramentas de bioinformática. Este trabalho tem como proposta um estudo analítico entre as principais ferramentas de containers da atualidade e como as ferramentas de alinhamento de alto nível de processamento impactam sobre esses ambientes. Foram comparados os containers docker e singularity com base nas métricas de tempo de execução, máximo de utilização de recursos por núcleo de cpu, média de utilização por núcleo de cpu e, gasto médio de memória do sistema durante o período de execução das ferramentas. Concluiu-se com este trabalho que ambos os containers possuem diferenças mínimas mas que, não alteram os resultados de maneira significativa, correspondendo a menos de um porcento, sendo as maiores diferenças registradas, entre os algoritmos escolhidos entre as ferramentas de alinhamento.
dc.description.abstract2As computing power increases and becomes more accessible, the era of bioinformatics is accelerating our ability to understand and tackle the challenges posed by the large volumes of data generated by areas such as genetics and epidemiology. Several promises are already emerging, after all bioinformatics is an extremely vast field that combines several areas such as mathematics, statistics, computer science and biology to conduct data analysis. However, there is a great lack of comparative studies between virtualization environments for bioinformatics tools. This work proposes an analytical study of the main current containerization tools and how high-level processing alignment tools impact on these environments. Docker and Singularity containers were compared based on the following metrics: execution time, maximum resource utilization per CPU core, average utilization per CPU core and average system memory expenditure while the tools are running. The conclusion drawn from this work is that both containers have minimal differences that do not significantly alter the results, corresponding to less than one percent.
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.citationBRITTO, Murilo Batista Improta. Análise comparativa de containers para ferramentas de alinhamento de bioinformática. Orientadora: Maria Inés Valderrama Restovic. 2023. 69 f. Trabalho de conclusão de curso (Bacharelado em Sistemas de Informação) - Departamento de Ciências Exatas e da Terra, Campus I, Universidade do Estado da Bahia. Salvador- BA, 2023.
dc.identifier.urihttps://saberaberto.uneb.br/handle/20.500.11896/6538
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade do Estado da Bahia
dc.publisher.programGraduação
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/3.0/br/
dc.rights2Attribution 3.0 Brazilen
dc.subject.keywordsContainers
dc.subject.keywordsFerramentas de performance
dc.subject.keywordsFerramentas de Bioinformática
dc.titleAnálise comparativa de containers para ferramentas de alinhamento de bioinformática
dc.title.alternativeComparative analysis of containers for bioinformatics alignment tools
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis
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