A bioinformática, enquanto campo interdisciplinar que integra biologia e computação, desempenha um papel central na pesquisa científica e na inovação tecnológica. Essa área tem transformado a compreensão dos sistemas biológicos ao combinar dados complexos com análises computacionais avançadas, por meio de uma ampla gama de aplicações web. Muitos desses softwares são disponibilizados gratuitamente à comunidade científica, potencializando avanços e alcançando objetivos cada vez mais específicos. Contudo, a diversidade de tais aplicações apresenta desafios significativos relacionados à manutenibilidade e interoperabilidade, os quais impactam diretamente a reprodutibilidade das pesquisas científicas. Neste contexto, este trabalho tem como objetivo propor um processo para a manutenção de aplicações web de bioinformática, fundamentado na utilização de contêineres Docker, adotando a metodologia Design Science Research (DSR). O processo desenvolvido, denominado BioDockFlow, foi aperfeiçoado iterativamente em conformidade com os princípios da DSR através de três ciclos, sendo submetido a avaliações quantitativas, por meio da definição de uma métrica, e qualitativa em seu terceiro e último ciclo, com a aplicação de um questionário direcionado a usuários do processo. Os resultados obtidos corroboraram as conjecturas teóricas delineadas na metodologia, destacando que, embora processos de manutenção estruturados e controlados apresentem eficácia e adaptabilidade, essas características podem ser comprometidas pela heterogeneidade das aplicações web de bioinformática. Nesse contexto, o BioDockFlow foi capaz de orientar os desenvolvedores na conteinerização de aplicações com diferentes níveis de complexidade, garantindo a interoperabilidade entre elas em um ambiente unificado e atendendo às demandas específicas de cada aplicação. Ademais, o processo demonstrou ser uma ferramenta eficaz no suporte a equipes de manutenção, promovendo a padronização das atividades, facilitando o alinhamento das ações realizadas e identificando oportunidades de aprimoramento. Ressalta-se, ainda, a capacidade do BioDockFlow de integrar melhorias práticas, evidenciando sua adequação aos princípios de melhoria contínua. O processo está disponível no repositório do G2BC no GitHub1.