Introdução: Diferentes problemas de saúde pública atingem e debilitam indivíduos em todo o mundo, entre eles, o câncer, segunda principal causa de óbito no mundo e doenças negligenciadas endêmicas nas Américas, como as leishmanioses e a doença de Chagas. Tais doenças possuem tratamento de eficácia limitada e a fisiopatologia atrelada a elas justifica e fortalece a necessidade da descoberta de novos candidatos terapêuticos. Nesse contexto, os complexos de rutênio se inserem como possibilidade terapêutica para tratar essas diferentes enfermidades. Objetivos: Este trabalho teve como objetivo avaliar a atividade citotóxica, leishmanicida e tripanocida dos complexos metálicos cis-[RuCl2(phen)2] (FOR020), cis-[RuCl(indz)(phen)2]+PF6-(FOR022) e cis-[Ru(indz)2(phen)2]2+(PF6-)2 (FOR0E2) e compreender o mecanismo de ação tripanocida. Materiais e Métodos: A citotoxicidade dos complexos foi avaliada em células tumorais prostáticas (PC-3 e LnCap), hepática (HepG2), leucêmica (HL-60) e colorretal (HCT116) e em cardiomiócitos (H9c2), fibroblastos (MRC-5) e macrófagos peritoneais, linhagens não cancerosas, pelo método de AlamarBlue. A avaliação da atividade leishmanicida em amastigotas e promastigotas de Leishmania amazonensis também utilizou o método de AlamarBlue. A ação anti-Trypanosoma cruzi foi investigada a partir da contagem de tripomastigotas viáveis (cepa Y) em câmara de Neubauer e expresso em valores de concentração inibitória de 50% (CI50). Em adição, ensaios de microscopia eletrônica e de citometria de fluxo utilizando marcador de despolarização mitocondrial (Rodamina123) e de produção superóxido mitocondrial (MitoSox) foram realizados utilizando tripomastigotas tratadas com o complexo FOR0E2. Resultados e Discussão: O FOR0E2 apresentou o melhor perfil citotóxico, leishmanicida e tripanocida, devido a presença de duas moléculas do ligante biologicamente ativo 1H-indazol em sua estrutura. Demonstrou atividade citotóxica com CI50, variando de 10,7 a 25,2 μM para as células cancerosas HL-60 e HCT116, respectivamente. Em adição, apresentou atividade antiparasitária frente as formas promastigotas e amastigotas de L. amazonensis, com valores de CI50 de 5,7 μM e 1,6 μM respectivamente, com um maior índice de seletividade (IS; 5,3) para formas amastigotas. Por fim, o FOR0E2 foi o complexo mais potente e seletivo frente as formas tripomastigotas de T. cruzi com valor de CI50 de 0,3 μM, sendo mais ativo que o benzonidazol (CI50 = 12,5 μM). O tratamento induziu alterações morfológicas na mitocôndria, o que é reforçado por uma significativa despolarização mitocondrial e aumento na produção de superóxido mitocondrial, indicando a mitocôndria como um alvo-chave do complexo. Conclusão: O complexo FOR0E2 demonstrou atividade citotóxica e antiparasitária, sendo a atividade tripanocida relacionada a alterações mitocondriais.