A genotipagem de cepas virais é uma das tarefas mais comuns e importantes nos sistemas de monitoramento de doenças ao redor do mundo, especialmente após o impacto global da pandemia de COVID-19. A maioria dessas análises é realizada com base no processamento bioinformático de genomas virais obtidos por técnicas de sequenciamento rápido. Este trabalho apresenta o desenvolvimento de uma ferramenta web inovadora, projetada para realizar a genotipagem de cepas virais de forma rápida e eficiente, utilizando aprendizado de máquina. A metodologia utilizada foi baseada no Design Science Research (DSR), que consiste em três etapas principais: (1) identificação do problema, (2) desenvolvimento do artefato, e (3) avaliação de sua eficácia. A nova ferramenta, denominada AGSSA (Advanced Genotyping with Semi-Supervised Algorithm), é uma versão avançada da ferramenta anterior ÁGUA (Advanced Genotyping with Unsupervised Algorithm), que já havia sido testada com o gene spike (S) do SARS-CoV-2. Nesta etapa, a ferramenta foi aplicada ao gene envelope (E) do vírus da Dengue. Os resultados demonstraram que a nova versão da ferramenta é capaz de processar grandes volumes de dados genômicos de maneira eficiente, com baixo custo computacional. Além disso, sua interface web torna a solução acessível e fácil de usar, mesmo por pesquisadores com pouca ou nenhuma experiência em computação avançada.