A substituição do Cerrado Nativo por áreas cultivadas alteram a qualidade e dinâmica da matéria orgânica do solo. Nesse sentido, o presente estudo objetivou avaliar as alterações provocadas por diferentes formas de uso do solo no Cerrado Nativo sobre os teores e estoques de carbono, assim como em suas frações húmicas (Ácido Húmico, Ácido Fúlvico e Humina) de um Neossolo. Os ambientes selecionados para as avaliações constaram de área sob vegetação nativa de cerrado strict sensu (ACN); área sob plantio convencional de banana (APB); área com sistema agroflorestal com plantio de cacau, manga e banana (SAF); e área sob plantio de eucalipto com 7 anos (EUC). As amostras de solo foram coletadas nas camadas de 0-10, 10-20, 20-30, 30-40 cm para a determinação dos teores e estoques de carbono orgânico total (COT), carbono das frações húmicas, os resultados obtidos foram submetidos à análise de variância, considerando um delineamento inteiramente casualizado, comparados por meio de teste Tuckey a 5% de probabilidade. O sistema de EUC promoveu maiores estoques de carbono orgânico total em todas as camadas de solo avaliadas, pois apresentou a menores perdas nos teores de C e maiores estoques deste, estando a matéria orgânica mais protegida em relação aos demais tratamentos. A AEU e SAF se mostraram eficientes em acumular matéria orgânica na profundidade de até 30 cm, devido o aporte de matéria orgânica, resíduos vegetais na superfície do solo. Através do fracionamento químico, observou-se que a maior parte da MO do solo encontram-se armazenada na forma de HUM.