Bacharelado em Sistemas de Informação - DCET1

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https://saberaberto.uneb.br/handle/20.500.11896/1243

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Navegando Bacharelado em Sistemas de Informação - DCET1 por Palavras-chave "análise de expressão diferencial"

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    FunExpression: Um pipeline automatizado para análise de expressão diferencial de genes de fungos utilizando dados brutos de bulk RNA-Seq
    (Universidade do Estado da Bahia, 2024-12-18) Sousa, Adeonita; Lenz, Alexandre; Restovic, Maria Inés; Fonseca, Vagner
    A análise de expressão diferencial de genes desempenha um papel crucial na compreensão de processos biológicos complexos e na identificação de potenciais alvos terapêuticos. Este trabalho apresenta o FunExpression, um pipeline desenvolvido com base nas ferramentas mais precisas para a análise de expressão diferencial de genes utilizando dados brutos de RNA-Seq bulk. O FunExpression possui uma arquitetura robusta, de fácil manutenção e alta reprodutibilidade, graças à utilização de contêineres Docker para gerenciamento e execução de ambientes computacionais. O pipeline foi projetado para ser intuitivo e acessível, permitindo que os usuários realizem análises complexas de forma simples por meio de uma interface web, independentemente de sua localização ou capacidade computacional. Ele é composto pelas seguintes etapas: corte com Trimmomatic, alinhamento com RNA STAR, contagem com HTSeq e, por fim, análise de expressão diferencial de genes com DESeq2. O desempenho do FunExpression foi avaliado em cinco conjuntos de dados de RNA-Seq extraídos de dois artigos de referência. Os resultados gerados pelo pipeline foram similares aos descritos nos artigos. No entanto, o FunExpression demonstrou ser mais minucioso em comparação com o pipeline utilizado em um dos artigos avaliados, revelando diversos DEGs que não foram identificados no estudo original. Este trabalho, portanto, oferece uma ferramenta útil e eficaz para pesquisadores interessados em explorar a expressão gênica em diferentes condições biológicas. O código-fonte do FunExpression está disponível em: https://github.com/Adeonita/funexpression.