Funregulation: construção de uma aplicação web (front-end) para visualização e manipulação de redes regulatórias de genes para fungos

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dc.contributor.advisorLenz, Alexandre Rafael
dc.contributor.authorVieira, Samuel Santos
dc.contributor.refereeFonseca, Vagner de Souza
dc.contributor.refereeSuárez, Diego Gervasio Frías
dc.date.accessioned2024-10-24T15:58:32Z
dc.date.available2024-10-24T15:58:32Z
dc.date.issued2023-07-12
dc.description.abstractUm dos maiores desafios da biologia molecular é identificar as relações regulatórias entre genes reguladores da transcrição e seus alvos, pois a partir disso é possível compreender os fenômenos biológicos como, por exemplo, o crescimento e divisão celular. Através das Redes Regulatórias de Genes (GRN, do ingês Gene Regulatory Network) é possível entender qual é a influência de cada interação entre genes em um determinado organismo. Com esses dados, os pesquisadores podem obter avanços nos estudos científicos com um menor custo financeiro, já que o sequenciamento genético é um processo de alto custo. O objetivo deste trabalho é desenvolver uma solução de software para a visualização e manipulação de uma GRN. Essa solução contempla o front-end de uma aplicação Web, sendo responsável por permitir a visualização e a configuração das características da GRN de acordo com as necessidades do usuário. Para validar o funcionamento do sistema, foram construídas duas GRNs a partir dos fungos Madurella mycetomatis e Cordyceps militaris. Também foram realizados testes para apurar se o carregamento da GRN é eficiente em termos de tempo e memória. A aplicação Web front-end FunRegulation, para visualização e manipulação de GRNs de fungos contribui para que seja possível entender a relação entre genes nesses seres vivos. O projeto da jornada do usuário contribuiu para a decisão da disposição das funcionalidades construídas para o sistema. A realização dos testes de carregamento das duas GRNs geradas demonstrou a funcionalidade da arquitetura para visualização de redes construída com o Cytoscape.js, e também mostrou a eficiência de carregamento das GRNs em termos de tempo e memória. Considera-se que todos os objetivos propostos para a elaboração deste trabalho foram alcançados.
dc.description.abstract2One of the biggest challenges in molecular biology is to identify the regulatory relationships between transcription regulatory genes and their targets, as this makes it possible to understand biological phenomena such as, for example, cell growth and division. Through Gene Regulatory Networks (GRN) it is possible to understand the influence of each interaction between genes in a given organism. With this data, researchers can make advances in scientific studies at a lower financial cost, as genetic sequencing is a high-cost process. The objective of this work is to develop a software solution for visualizing and manipulating a GRN. This solution includes the front-end of a Web application, being responsible for allowing the visualization and configuration of GRN characteristics according to the user’s needs. To validate the functioning of the system, two GRNs were constructed from the fungi Madurella mycetomatis and Cordyceps militaris. Tests were also carried out to determine whether loading the GRN is efficient in terms of time and memory. The FunRegulation front-end web application, for visualizing and manipulating fungal GRNs, helps to understand the relationship between genes in these living beings. The design of the user journey contributed to the decision on the layout of the functionalities built for the system. Carrying out loading tests on the two GRNs generated demonstrated the functionality of the network visualization architecture built with Cytoscape.js. Also, it showed the loading efficiency of GRNs in terms of time and memory. It is considered that all objectives proposed for the preparation of this work were achieved.
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.citationVIEIRA, Samuel Santos. Funregulation: construção de uma aplicação web (front-end) para visualização e manipulação de redes regulatórias de genes para fungos. Orientador: Alexandre Rafael Lenz. 2023. 109 f. Trabalho de conclusão de curso (Bacharelado em Sistemas de Informação) - Departamento de Ciências Exatas e da Terra, Campus I, Universidade do Estado da Bahia. Salvador- BA, 2023.
dc.identifier.urihttps://saberaberto.uneb.br/handle/20.500.11896/6506
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade do Estado da Bahia
dc.publisher.programGraduação
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/
dc.rights2Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilen
dc.subject.keywordsBioinformática
dc.subject.keywordsFungos
dc.subject.keywordsRedes Regulatórias de Genes
dc.titleFunregulation: construção de uma aplicação web (front-end) para visualização e manipulação de redes regulatórias de genes para fungos
dc.title.alternativeFunregulation: building a front-end web application for visualizing and manipulating gene regulatory networks for fungi
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis
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Bacharelado em Sistemas de Informação - DCET1