Estudo da correlação entre frequência de códons em genomas virais e a abundância de espécies de RNA transportador cognato na célula hospedeira humana
| dc.contributor.advisor | Suárez, Diego Gervasio Frías | |
| dc.contributor.author | Fonseca, Vagner de Souza | |
| dc.contributor.referee | Cunha, Joana Paixão Monteiro | |
| dc.contributor.referee | Restovic, Maria Ines Valderrama | |
| dc.date.accessioned | 2024-09-30T14:34:40Z | |
| dc.date.available | 2024-09-30T14:34:40Z | |
| dc.date.issued | 2013-01-05 | |
| dc.description.abstract | Contextualização: A bioinformática é uma ciência multidisciplinar, que procura armazenar e relacionar os dados biológicos, utilizando o auxilio de métodos computacionais e matemáticos, subsidiando no reconhecimento de padrões que seriam difíceis sem a ajuda da tecnologia da informação. Pesquisas desenvolvidas nesta área utilizam, em geral, um volume considerável de informações que devem ser analisadas em conjunto para proporcionar inferências precisas sobre possíveis hipóteses e possibilitar assim a construção de novas teses. O armazenamento de informações em bancos de dados e a utilização de linguagens computacionais permite aos pesquisadores de todo o mundo compartilhar informações possibilitando aos mesmos estudar estruturas tridimensionais de moléculas, simular o metabolismo de células ao até mesmo desvendar a função biológica de determinada sequência de DNA. O estudo do genoma de patógenos, plantas e animais é uma linha de pesquisa em constante crescimento. Em particular o estudo do genoma de vírus e da evolução viral ocupa a atenção de muitos pesquisadores no mundo todo. Desde a descoberta do vírus da AIDS (Human Immunodeficiency Virus – HIV) nos anos 80 acentuou-se, ainda mais, o uso de sistemas computacionais para auxiliar no processamento de genomas virais, impulsionando a fusão da biologia com a informática. Problema Abordado: O objetivo deste trabalho foi o desenvolvimento de uma ferramenta de bioinformática para investigar a composição dos genes retrovirais no nível de códons e estabelecer sua compatibilidade com a maquinaria celular dos hospedeiros para síntese de proteínas. Os resultados deste estudo darão suporte teórico para o estudo de alvos de terapias antirretrovirais idealizadas pelos autores, baseadas na inibição seletiva de espécies de RNA transportador. Contribuição: Neste trabalho foi desenvolvida uma ferramenta WEB de bioinformática que permite estudar a frequência de códons nos genes do HIV e do vírus linfotrópico da célula humana (HTLV), assim como a frequência de genes de RNA de transporte no genoma do hospedeiro humano. Relevância: A ferramenta permitirá, graças a um procedimento implementado para atualização automática, realizar os estudos considerando todas as sequências virais existentes até o momento do estudo nos bancos de dados públicos. Desta forma os resultados terão maior representatividade e significância estatística, na medida que novas sequências sejam armazenadas nos bancos de dados. | |
| dc.description.abstract2 | Background: Bioinformatics is a multidisciplinary science, which aims to store and correlate biological data, using the aid of computational and mathematical methods. Bioinformatics supports the recognition of patterns that would be difficult without the help of information technology. Research conducted in this area use, in general, a considerable volume of information that must be analyzed together to provide accurate inferences about possible hypotheses and thus enable the construction of new theories. The storage of information in databases and the use of computer languages allows researchers around the world to share information, enabling them to study, for example, three-dimensional structures of molecules or the metabolism of cells, as well as to find the biological function of a particular DNA or RNA sequence. The study of the genome of pathogens, plants and animals is a line of research in constant growth. In particular the study of viruses and viral genome evolution occupies the attention of many researchers worldwide. Since the discovery of the virus causing AIDS (Human Immunodeficiency Virus-HIV) in the eighties, the use of computer systems to assist in the processing of viral genomes was accentuated, propelling the fusion of biology with computer science. Addressed Problem: The aim of this work was the development of a bioinformatics tool to investigate the composition of retroviral genes at the level of codons and establishing their fitness with the host cell machinery, used for protein synthesis. The results of this study will provide theoretical support for studying targets of antiretroviral therapies hypothesized by the authors, which is based on selective inhibition of transfer RNA species. Contribution: In this study we developed a bioinformatics web tool that allows to study the frequency of codons in the genes of HIV and Human T cell Lymphotropic Virus (HTLV), as well as the frequency of transfer RNA genes in the human host genome. Relevance: The tool will allow, thanks to a procedure implemented for automatic updating, performing studies considering all existing viral sequences in public databases until the moment of the study. Thus the results will be more representative of the virus population as new sequences are stored in such databases. | |
| dc.format.mimetype | application/pdf | |
| dc.identifier.citation | FONSECA, Vagner de Souza. Estudo da correlação entre frequência de códons em genomas virais e a abundância de espécies de RNA transportador cognato na célula hospedeira humana. 2013. 73f. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Sistemas de Informação), Departamento de Ciências Exatas e da TerraI, Campus I, Universidade do Estado da Bahia, Salvador, 2015. | |
| dc.identifier.uri | https://saberaberto.uneb.br/handle/20.500.11896/6343 | |
| dc.identifier2.Lattes | http://lattes.cnpq.br/5911591745803589 | |
| dc.language.iso | por | |
| dc.publisher | UNEB | |
| dc.publisher.program | Bacharelado em Sistema de Informação | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ | |
| dc.rights2 | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil | en |
| dc.subject.keywords | utilização de códons | |
| dc.subject.keywords | RNA transportador | |
| dc.subject.keywords | HIV | |
| dc.subject.keywords | HTLV | |
| dc.subject.keywords | terapia | |
| dc.subject.keywords | banco de dados | |
| dc.title | Estudo da correlação entre frequência de códons em genomas virais e a abundância de espécies de RNA transportador cognato na célula hospedeira humana | |
| dc.title.alternative | Study of the correlation between codon frequency in viral genomes and the abundance of cognate transporter RNA species in the cell human host | |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |