Método para comparação da evolução de linhagens virais com vistas a identificar as potencialmente pandêmicas

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dc.contributor.advisorFrias, Diego
dc.contributor.authorSantos, Daiane Rose dos
dc.contributor.refereeRestovic, Maria Ines Valderrama
dc.contributor.refereeFonseca, Vagner de Souza
dc.date.accessioned2024-09-16T18:03:12Z
dc.date.available2024-09-16T18:03:12Z
dc.date.issued2019-09-04
dc.description.abstractO vírus da gripe A é responsável por epidemias anuais e pandemias ocasionais de doença em seres humanos. A evolução contínua dos genes antígenos, Hemaglutinina e Neuraminidase, em mamíferos provoca mudanças antigênicas com a aquisição de virulência. Neste trabalho pretende-se revisar a evolução dos genes externos que medem a mudança dos padrões de uso dos códons nas quatros principais linhagens de vírus que causa epidemias graves nos seres humanos: os subtipos H1N1, H2N2, H3N2 e H5N1. Para medir essa alteração será introduzido um índice que quantifica a dissimilaridade entre a utilização de um codão de um gene ou região de um gene de uma estirpe viral em relação ao uso do códon da espécie hospedeira. Traçando o índice em relação ao tempo de isolamento, pode-se obter tendências evolutivas específicas de linhagem em vírus de mamíferos, mas não em cepas de aves que confirmam a estabilidade estacionária do vírus da gripe em seu reservatório natural. No estudo será utilizado o conjunto completo de dados de seqüência de influenza A disponíveis em uma data que será especificada. A principal contribuição deste trabalho é a quantificação da mudança de composição que uma nova cepa precisa ter para iniciar uma pandemia. Além disso, os resultados mostram que o índice de dissimilaridade do códon pode ser usado para a classificação rápida e confiável de genes de origem suína e H1N1 sazonais
dc.description.abstract2The influenza A virus is responsible for annual epidemics and occasional pandemics of disease in humans. The continuous evolution of the antigen genes, Hemagglutinin and Neuraminidase, in mammals causes antigenic changes with the acquisition of virulence. The aim of this study is to review the evolution of external genes that measure changes in codon usage patterns in the four main strains of viruses that cause serious epidemics in humans: the H1N1, H2N2, H3N2 and H5N1 subtypes. To measure this change, an index will be introduced that quantifies the dissimilarity between the use of a codon of a gene or region of a gene in a viral strain in relation to the use of the codon in the host species. By plotting the index in relation to isolation time, lineage-specific evolutionary trends can be obtained in mammalian viruses, but not in bird strains, which confirms the stationary stability of the influenza virus in its natural reservoir. The study will use the complete set of influenza A sequence data available at a date to be specified. The main contribution of this work is the quantification of the compositional change that a new strain needs to have in order to start a pandemic. In addition, the results show that the codon dissimilarity index can be used for the rapid and reliable classification of genes of swine and seasonal H1N1 origiN.
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.citationSANTOS, Daiane Rose dos. Método para comparação da evolução de linhagens virais com vistas a identificar as potencialmente pandêmicas. Orientador: Diego Frias. 2019. 49f. Trabalho de conclusão de curso (Bacharelado em Sistemas de Informação) - Departamento de Ciências Exatas e da Terra, Campus I, Universidade do Estado da Bahia. Salvador- BA, 2019.
dc.identifier.urihttps://saberaberto.uneb.br/handle/20.500.11896/6221
dc.language.isopor
dc.publisherUniversidade do Estado da Bahia
dc.publisher.programGraduação
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/3.0/br/
dc.rights2Attribution 3.0 Brazilen
dc.subject.keywordsVírus da Influenza
dc.subject.keywordsPandemias
dc.subject.keywordsCodóns
dc.titleMétodo para comparação da evolução de linhagens virais com vistas a identificar as potencialmente pandêmicas
dc.title.alternativeMethod for comparing the evolution of viral strains with a view to identifying potentially pandemic ones
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis
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