A construção de Redes Regulatórias de Genes, do inglês, Gene Regulatory Network (GRN) é um tema importante na área de bioinformática pois, a partir do entendimento de uma rede de genes, é possível realizar uma série de estudos para o desenvolvimento de diferentes áreas como saúde, agricultura e industrial. Contudo a compreensão das relações entre os genes de um ser vivo é um grande desafio tanto na área da biologia experimental quanto na área computacional. O objetivo desta pesquisa foi desenvolver uma arquitetura Web (Back-end) que fosse capaz de facilitar a construção de GRNs de fungos, a partir de uma arquitetura de software responsável por unificar ferramentas já validadas e utilizadas na bioinformática. Primeiramente foi necessária a identificação das etapas e ferramentas que iriam compor o pipeline, responsável pela construção da GRN. Em seguida foi preciso definir um modelo para realizar o gerenciamento e o escalonamento, das etapas e ferramentas responsáveis por construir a GRN. Por fim tínhamos como objetivos específicos a definição de um modelo que fosse capaz de encapsular as ferramentas de terceiros como ProteinOrtho e RSAT, e a construção de duas GRNs de fungos de ordens distintas, para a validação do trabalho. Na validação deste trabalho é mostrado a construção de duas GRNs de dois fungos, o primeiro fungo é o Madurella mycetomatis causador de uma doença chamada Micetoma, comum na África, América do Sul e Índia. O segundo é o Cordyceps militaris bastante utilizado na medicina chinesa há séculos por atuar na melhora do sistema imunológico, equilíbrio hormonal e diversos outros benefícios à saúde. Determinamos que a arquitetura web desenvolvida (Back-end) possui atributos dignos de nota que merecem ser mencionados. O primeiro aspecto fundamental é a capacidade da arquitetura de receber melhorias e modificações futuras. Por exemplo, todas as tarefas dentro da arquitetura operam de forma assíncrona através de uma solução modular. O segundo aspecto crucial é a sua contribuição para a compreensão da relação entre os genes dos fungos. A arquitetura desenvolvida nesta pesquisa tem potencial para unificar todo o processo e ferramentas de geração de GRNs. Portanto, ao integrar esta arquitetura com o Front-end, a comunidade científica que estuda fungos ou GRNs pode utilizar este software para avançar em suas pesquisas científicas.