Introdução: A gastrite atrófica autoimune (GAA) pode estar associada a deficiências de micronutrientes devido ao seu impacto na capacidade do estômago em absorver nutrientes essenciais. A prevalência dessas carências nos doentes com GAA é significativa e multifatorial. Objetivo: investigar qual a prevalência da deficiência dos micronutrientes na GAA. Métodos: Este protocolo foi desenvolvido de acordo com as diretrizes da Cochrane Handbook for Systematic Reviews e orientações do Preferred Reporting Items for Systematic Review and Meta-Analyses (PRISMA-P) para revisões sistemáticas. Serão incluídos estudos descritivos, séries de casos, caso-controle e transversais. Foram desenvolvidas estratégias de busca de alta sensibilidade para as fontes de pesquisa, Medline (PubMed), Embase (Elsevier), LILACS (Portal Biblioteca Virtual em Saúde/BVS), Cochrane Library e literatura cinzenta (Google Scholar e ProQuest), sem restrição de período ou idioma. A análise será qualitativa e, se possível, haverá metaanálise, e os resultados serão apresentados em forma de tabela descritiva e de gráfico de floresta. O risco de viés será avaliado, usando ferramentas do Joanna Briggs Institute (JBI) e a certeza da evidência pelo Grading of Recommendations Assessment Development and Evaluation (GRADE). Este protocolo será registrado no Prospero. Discussão: Embora a GAA tenha sido amplamente estudada, a relação com a deficiência de micronutrientes ainda é pouco investigada e analisada.