A utilização inadequada de práticas agrícolas e o uso intensivo dos solos do Cerrado, alteram a dinâmica nos seus estoques de carbono (C) e nitrogênio (N). Neste sentido, o uso de modelos matemáticos, como o Century, é importante para simular a dinâmica dos estoques de C e N em solos de diferentes regiões. O objetivo desse trabalho foi adaptar o Modelo Century4.5 nas condições edafoclimáticas do Cerrado para simular os estoques de carbono e nitrogênio em áreas sob sistema de plantio convencional e sistema de plantio direto e indicar o melhor sistema de manejo para manter e aumentar os estoques de C e N no solo. A pesquisa foi desenvolvida no município de São Desidério, Bahia, em áreas de campo sob vegetação nativa, para estimar os valores dos estoques originais de carbono e nitrogênio, sistema de plantio convencional e sistema de plantio direto. Em cada área foram coletadas 20 amostras simples deformadas e indeformadas, aleatoriamente, na profundidade de 0-20 cm, e após, foi feita a determinação dos teores e dos estoques de Carbono Orgânico Total (COT) e Nitrogênio Total (NT). A calibração do modelo consistiu no levantamento dos históricos das áreas para obtenção dos valores de entrada, além de modificações nos valores originais dos parâmetros do modelo de acordo com as características do local de estudo. Após a sua calibração, foram avaliadas variáveis de saídas referentes a dinâmica dos estoques de COT e NT. O modelo Century4.5 mostra-se sensível ao estudo dos estoques de carbono nas áreas estudadas com valores de 24,00 Mg ha-1(observados) e 24,97 Mg ha-1(simulados) para sistema de plantio convencional e 27,70 Mg ha-1(observados) e 27,40 Mg ha-1(simulados) para sistema de plantio direto. Para o nitrogênio, os valores foram 1,70 Mg ha-1(observados) e 1,99 Mg ha-1(simulados) para sistema de plantio convencional e 3,20 Mg ha-1(observados) e 3,41 Mg ha-1(simulados) para sistema de plantio direto. O modelo Century4.5 mostra-se eficaz na simulação do carbono e nitrogênio e o sistema de plantio direto é o melhor para manter e aumentar os estoques de C e N no solo.