O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica de queijos comercializados no município de Barreiras–BA, por meio do isolamento e identificação de Escherichia coli, Salmonella spp. e Staphylococcus aureus. Foram analisadas 19 amostras, adquiridas em feiras livres e estabelecimentos comerciais entre fevereiro e agosto de 2025, devidamente acondicionadas e encaminhadas ao Laboratório de Biologia da Universidade do Estado da Bahia, Campus IX. As amostras foram submetidas a análises microbiológicas utilizando meios de cultura específicos para a quantificação de microrganismos aeróbios mesófilos, coliformes totais e termotolerantes, além da pesquisa de S. aureus e Salmonella spp.. A metodologia seguiu protocolos recomendados pela Food and Drug Administration (FDA). Os resultados mostraram que 79% (15/19) das amostras apresentaram S. aureus acima do limite de 10³ UFC/g determinado pela legislação. As contagens de coliformes totais variaram entre 1,6 × 10⁰ e 1,1 × 10³ NMP/g, enquanto os termotolerantes oscilaram no mesmo intervalo. A presença de E. coli foi confirmada em 79% (15/19) das amostras. Já a Salmonella spp. foi identificada em 58% (11/19) das amostras, embora sua presença deva ser ausente em 25 g, tornando esses produtos impróprios para consumo. Verificou-se que queijos sem inspeção, adquiridos em feiras livres, apresentaram maiores níveis de contaminação quando comparados aos produtos inspecionados vendidos em supermercados. No total, 78,94% (15/19) das amostras não atenderam aos padrões microbiológicos estabelecidos, indicando risco à saúde pública e reforçando a necessidade de fiscalização sanitária mais rigorosa e da adoção de boas práticas de fabricação.