Sambaquis são sítios arqueológicos costeiros caracterizados por montes artificiais de conchas, associados a outros vestígios da alimentação e de outras atividades, de grupos pescadores - coletores que se fixaram na faixa litorânea Brasileira há aproximadamente 7.000 anos A.P. Mesmo sendo estes sítios altamente distribuídos no litoral brasileiro, ainda existem poucas informações e estudos no nordeste, assim, no presente trabalho objetivou-se fazer uma análise da fauna arqueológica existente em amostras do sambaqui Ilha de Bocuparetuba, localizado no município de Ilhéus, litoral sul baiano. As amostras coletadas passaram pelo processamento (lavagem, secagem, seleção, pesagem, contabilização do volume), bem como análises tafonômicas, taxonômicas e cálculo de representatividade da fauna para identificar a base da dieta alimentar desses grupos. Os resultados mostram que as amostras estudadas indicam ser esse sítio composto por sedimentos e restos de mariscos e peixes; que a base alimentar protéica estava relacionada aos peixes, mas, que os mariscos foram apreciados e usados como itens complementares. Os resultados obtidos estão de acordo com aqueles encontrados para os sambaquis de grande porte.