Navegando por Autor "Silva, Gabriel Amorim de Albuquerque"

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    Análise comparativa de ferramentas para classificação taxonômica de metagenomas
    (2022-07-16) Silva, Gabriel Amorim de Albuquerque
    Grande parte dos microrganismos não são cultiváveis, sendo a identificação de táxons em amostras complexas um desafio. A metagenômica permite analisar a comunidade microbiológica diretamente pelo material genético. Com isso, classificadores taxonômicos foram desenvolvidos para processar os dados do sequenciamento, utilizando diversos algorítimos e métodos. O trabalho objetivou a comparação de quatro classificadores, pela utilização do dataset simulado CAMI Toy Mouse Gut, sendo avaliados facilidade do uso, uso de RAM, tempo de execução, tamanho da base de dados, precisão e especificidade da classificação. Kaiju teve configuração e MetaCache uso mais fáceis. Centrifuge utilizou mais RAM e tempo na construção e MetaCache na classificação, enquanto Kraken2 teve os menores resultados gerais. Centrifuge teve o maior tamanho máximo e menor mínimo da base de dados, enquanto MetaCache teve o menor máximo e maior mínimo. Quanto a assertividade da classificação, Kraken2 e MetaCache se mostraram semelhantes entre si e com melhor precisão, Kaiju foi o mais específico em níveis a partir do gênero, porém especialmente inferior em espécie. Kraken2 foi mais rápido, com menor uso geral de RAM e com a segunda menor base de dados, tornando-o a principal recomendação.