Navegando por Autor "Mascarenhas, Ana Patrícia Fontes Magalhães"
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- ItemAnálise comparativa de containers para ferramentas de alinhamento de bioinformática(Universidade do Estado da Bahia, 2023-12-14) Britto, Murilo Batista Improta; Restovic, Maria Inés Valderrama; Atta, Antônio Carlos Fontes; Mascarenhas, Ana Patrícia Fontes MagalhãesÀ medida que o poder computacional aumenta e se torna mais acessível, a era da bioinformática acelera a nossa capacidade de entender e enfrentar os desafios que o grande volume de dados gerados por áreas como genética e epidemiologia impõem. Várias promessas já estão surgindo, afinal a bioinformática é um campo extremamente vasto que combina diversas áreas como matemática, estatística, ciência da computação e biologia para a condução de análises de dados. No entanto nota-se uma carência muito grande de estudos comparativos entre ambientes de virtualização para ferramentas de bioinformática. Este trabalho tem como proposta um estudo analítico entre as principais ferramentas de containers da atualidade e como as ferramentas de alinhamento de alto nível de processamento impactam sobre esses ambientes. Foram comparados os containers docker e singularity com base nas métricas de tempo de execução, máximo de utilização de recursos por núcleo de cpu, média de utilização por núcleo de cpu e, gasto médio de memória do sistema durante o período de execução das ferramentas. Concluiu-se com este trabalho que ambos os containers possuem diferenças mínimas mas que, não alteram os resultados de maneira significativa, correspondendo a menos de um porcento, sendo as maiores diferenças registradas, entre os algoritmos escolhidos entre as ferramentas de alinhamento.
- ItemEstimativa de esforço de teste de software utilizando a análise de pontos por caso de teste(Universidade do Estado da Bahia, 2014-07-30) Nascimento, Cínthia Pessoa; Mascarenhas, Ana Patrícia Fontes Magalhães; Jorge, Eduardo Manuel de Freitas; Lenz, Alexandre RafaelO teste de software é uma das atividades mais importantes para a garantia da qualidade. Esta etapa vem se tornando cada vez mais independente e essencial ao desenvolvimento de software, com suas próprias metodologias, equipes e gerenciamento dedicado. Para evitar atrasos no projeto em decorrência do mau planejamento e, ao mesmo tempo, contribuir para a garantia da qualidade do software, tem-se a necessidade da realização de estimativas mais precisas no que diz respeito ao esforço, tempo e custo demandados pela atividade de teste. Neste contexto está a Análise de Pontos por Caso de Teste (APCT), proposta por Nguyen, Pham e Lam (2009), uma técnica existente na literatura para estimar a execução dos casos de teste de software. Esta técnica tem como saída os Pontos por Caso de Teste, No entanto, não estabelece nenhum critério para transformar esta métrica em esforço (horas). Além disso, observou-se a necessidade da validação empírica desta técnica, aplicando-a a projetos reais. Este trabalho buscou propor uma solução para transformar a pontuação gerada para os casos de teste em esforço (horas), através da aplicação da APCT, base histórica e modelo estatístico. Para tanto, a solução foi aplicada em projetos de uma Organização real e foi proposta uma ferramenta para auxiliar na realização da estimativa. Os resultados deste trabalho foram bastante satisfatórios, uma vez que, para os projetos utilizados para a validação, o tempo estimado se aproximou consideravelmente do realizado. No entanto, pôde-se perceber que, para que se tenham resultados ainda mais precisos, existe a necessidade de se propor métodos que levem em consideração fatores externos que influenciam diretamente na execução dos casos de teste, tais como: o ambiente de teste, a dependência da experiência do testador, etc.
- ItemFAJ - Framework de Jogos para a alataforma android(Universidade do Estado da Bahia, 2012-04-08) Costa Junior, Marcos Cezar Mendes da; Jorge, Eduardo Manuel de Freitas; Mascarenhas, Ana Patrícia Fontes Magalhães; Santos, Trícia SoutoO cenário de jogos na plataforma Android ´e um ambiente competitivo, onde existe uma variedade de jogos surgindo todos os dias. Para que os desenvolvedores consigam entregar suas aplicações dentro do time-to-market é necessário o uso de ferramentas que possibilitem ciclos de desenvolvimentos mais ágeis. Este projeto propõe um Framework denominado FAJ com o objetivo de facilitar a construção de Jogos para a plataforma Android permitindo maior agilidade para o usuário desenvolvedor e menor esforço de codificação No FAJ adotam-se princípios de convenção sobre configuração como estratégia para o ganho de agilidade. Para isso, foram empregadas metodologias e técnicas como Feature-Oriented Domain Analisys, Hot-Spot-Driven Framework Development, Interfaces fluentes, Anotações com Reflexões e Padrões de Projeto. Buscando a análise da eficácia do FAJ, foi realizada uma validção baseada em SLOC Source Lines of Code nos códigos de exemplo da AndEngine adaptados com a estrutura do FAJ. Os resultados obtidos seguindo a métrica SLOC comprovam do ponto de vista de linhas de código que houve ganhos de produtividade da ordem de 45,81%.
- ItemFunregulation: concepção de uma arquitetura web (Back-End) que implemente um pipeline para construção de redes regulatórias de genes de fungos(Universidade do Estado da Bahia, 2023-12-06) Amorim, Gabriel Antônio Alves de; Lenz, Alexandre Rafael; Fonseca, Vagner; Mascarenhas, Ana Patrícia Fontes MagalhãesA construção de Redes Regulatórias de Genes, do inglês, Gene Regulatory Network (GRN) é um tema importante na área de bioinformática pois, a partir do entendimento de uma rede de genes, é possível realizar uma série de estudos para o desenvolvimento de diferentes áreas como saúde, agricultura e industrial. Contudo a compreensão das relações entre os genes de um ser vivo é um grande desafio tanto na área da biologia experimental quanto na área computacional. O objetivo desta pesquisa foi desenvolver uma arquitetura Web (Back-end) que fosse capaz de facilitar a construção de GRNs de fungos, a partir de uma arquitetura de software responsável por unificar ferramentas já validadas e utilizadas na bioinformática. Primeiramente foi necessária a identificação das etapas e ferramentas que iriam compor o pipeline, responsável pela construção da GRN. Em seguida foi preciso definir um modelo para realizar o gerenciamento e o escalonamento, das etapas e ferramentas responsáveis por construir a GRN. Por fim tínhamos como objetivos específicos a definição de um modelo que fosse capaz de encapsular as ferramentas de terceiros como ProteinOrtho e RSAT, e a construção de duas GRNs de fungos de ordens distintas, para a validação do trabalho. Na validação deste trabalho é mostrado a construção de duas GRNs de dois fungos, o primeiro fungo é o Madurella mycetomatis causador de uma doença chamada Micetoma, comum na África, América do Sul e Índia. O segundo é o Cordyceps militaris bastante utilizado na medicina chinesa há séculos por atuar na melhora do sistema imunológico, equilíbrio hormonal e diversos outros benefícios à saúde. Determinamos que a arquitetura web desenvolvida (Back-end) possui atributos dignos de nota que merecem ser mencionados. O primeiro aspecto fundamental é a capacidade da arquitetura de receber melhorias e modificações futuras. Por exemplo, todas as tarefas dentro da arquitetura operam de forma assíncrona através de uma solução modular. O segundo aspecto crucial é a sua contribuição para a compreensão da relação entre os genes dos fungos. A arquitetura desenvolvida nesta pesquisa tem potencial para unificar todo o processo e ferramentas de geração de GRNs. Portanto, ao integrar esta arquitetura com o Front-end, a comunidade científica que estuda fungos ou GRNs pode utilizar este software para avançar em suas pesquisas científicas.
- ItemRedução de conjuntos de casos de teste aplicados ao teste de regressão em programas java utilizando algoritmos de aprendizado de aáquina(UNEB, 2016-06-06) Santos, Rafaela Batista Evangelista; Lenz, Alexandre Rafael; Jorge, Eduardo Manuel de Freitas; Mascarenhas, Ana Patrícia Fontes MagalhãesO teste é uma atividade fundamental para a garantia da qualidade de software. Qualquer modificação realizada no software deve ser testada e, portanto, o teste de regressão é essencial para verificar se as modificações efetuadas não introduziram defeitos nas partes do software que funcionavam corretamente. Muitas metodologias têm sido propostas visando reduzir o tempo dispendido na atividade de teste de regressão, visto que esse tipo de teste é efetuado na fase de manutenção de software que já é muito custosa. Dentre elas, a utilização de Aprendizado de Máquina relacionando as informações coletadas durante a atividade de teste para identificação de casos de teste com comportamentos semelhantes e, geração de regras que podem ser aplicadas para a redução do conjunto de casos de teste. A redução do conjunto de casos de teste pode reduzir significativamente o tempo do teste de regressão, pois exclui permanentemente os casos de teste redundantes. Diante disso, o objetivo desse trabalho é aplicar a metodologia proposta por (LENZ, 2010) para apoiar a redução do conjunto de casos de teste, com intuito de reduzir o tempo gasto na atividade de teste de regressão de métodos implementados na linguagem java. Para tanto, os dados obtidos através da execução do teste estrutural (obtidos através da ferramenta Jabuti) e do teste baseado em erros (obtidos através da ferramenta Mujava) foram agrupados e submetidos a algoritmos de agrupamento (disponíveis na ferramenta Weka) visando encontrar comportamentos semelhantes, e foi aplicado um algoritmo de classificação para geração de regras a serem utilizadas na redução do conjunto de casos de teste. Os resultados dos experimentos manuais conduzidos nessa pesquisa demonstram que é possível reduzir significativamente o tempo gasto no teste de regressão através da identificação de redundâncias no conjunto de casos de teste. No entanto, para obtenção de resultados mais precisos, sugere-se a implementação de uma ferramenta que automatize essa metodologia para a linguagem java.