Navegando por Autor "Fonseca, Vagner de Souza"
Agora exibindo 1 - 11 de 11
Resultados por página
Opções de Ordenação
- ItemAutomação de experimento didático em física: transformação de energia potencial gravitacional em energia cinética(Universidade do Estado da Bahia, 2018-07-06) Nunes, Jean Vidal; Amorim, Cláudio Alves de; Souza, Leandro Santos Coelho de; Céledon, Julian Hermógenes Quezeda; Fonseca, Vagner de SouzaEste trabalho tem por objetivo descrever a construção de um aparato experimental, motivado à contribuir automatizando o processo de obtenção de dados de hardware e software abertos, visando o baixo custo, para estudar de forma lúdica o problema da conversão de energia potencial gravitacional em cinética, como uma forma de criar uma ponte entre o cenário dos objetos concretos e o cenário dos conceitos e teorias da física direcionando o foco na análise do processo, nas variáveis e nos resultados, bem como, contribuir de forma interdisciplinar ao utilizar tecnologias como Arduino, Raspberry Pi e sensores infravermelho, para demonstrar conceitos e teorias de outras áreas do conhecimento. Com esse ambiente, torna-se mais fácil o envolvimento do aluno com todo o processo, permitindo-o manipular o aparato experimental, alterando a altura do ponto de partida e a massa com diferentes carrinhos, observando as mudanças dos fenômenos estudados e como a sua manipulação influencia nesses fenômenos, tornando-o não apenas um observador, mas também, um agente influenciador e ativo no processo do experimento. Como validação da experimentação, todos os dados foram calculados com base na teoria e foram comparados com os resultados obtidos no experimento. Após a análise dos resultados, desconsiderando os dados inconsistentes, os demais dados se mostraram próximo do esperado, e a diferença entre o esperado e o obtido foi atribuída aos fatores de atrito, resistência do ar, altura dos carrinhos, entre outros descritos no trabalho. Com isso, foi possível constatar que este trabalho teve seus objetivos alcançados e, do ponto de vista do ensino, é possível demonstrar o conceito estudado através de um experimento automatizado, de baixo custo e de forma lúdica, além de evidenciar a dificuldade na experimentação, que só é visualizada quando passa-se do campo teórico para o laboratório experimental
- ItemCaracterização de marcadores genéticos relacionados à expressão de antígenos de grupos sanguíneos eritrocitários utilizando processamento de dados brutos de sequenciamento de nova geração(Universidade do Estado da Bahia, 2023-12-11) Jesus, Jessica Teixeira Nogueira de; Suárez, Diego Gervasio Frías; Fonseca, Vagner de Souza; Rodrigues, Evandra Strazza; Lenz, Alexandre Rafael; Restovic, Maria Ines ValderramaOs sistemas ABO e RH desempenham um papel crucial na classificação sanguínea, determinando tipos como A, B, O e AB. A presença ou ausência do antígeno RhD, principalmente em casos RhD positivo/negativo, é um detalhe clínico discreto, mas de grande importância devido ao potencial perigo de reações hemolíticas. A complexidade e heterogeneidade desses sistemas ressaltam a necessidade urgente de aprimorar nosso entendimento. Este estudo focou na caracterização detalhada de marcadores genéticos relacionados à expressão de antígenos sanguíneos eritrocitários. Para atingir esse objetivo, utilizamos tecnologias de sequenciamento de nova geração baseadas em imuno-hematologia e biologia molecular. Desenvolvemos um protótipo inovador de backend web para análise de marcadores genéticos e grupos sanguíneos. O método tecnológico inovador, baseado em dados brutos de sequenciamento genético de próxima geração (NGS), proporciona compreensão profunda e acessível. Foi utilizada a metodologia de Design Science Research (DSR), comprometemo-nos não apenas com a teoria, mas também com a aplicação prática de soluções. O ciclo adaptativo de testes, validações e correções demonstra nosso compromisso em alcançar e superar resultados esperados, proporcionando compreensão mais profunda da expressão genética nos grupos sanguíneos. Os resultados antecipados são promissores: identificamos 130 e 152 SNPs em duas amostras RHD, 233 SNPs nas amostras RHCE (incluindo um indel) e 167 SNPs evidenciando riqueza genética subjacente. Os resultados revelaram três mutações em uma amostra RHD, ampliando a compreensão das variações genéticas. Até agora, esses resultados não são apenas preliminares, mas indicativos concretos do progresso científico. Contribuímos para a compreensão da expressão de antígenos sanguíneos, acreditando que tais descobertas podem transformar a saúde. Além disso, esses resultados abrem caminho para futuras investigações, ressaltando a importância de uma abordagem médica mais individualizada
- ItemDesenho e análise de interfaces geográficas para representações de dados virais(Universidade do Estado da Bahia, 2023-07-12) Jesus, Eugênio Santos de; Restovic, Maria Ines Valderrama; Fonseca, Vagner de Souza; Massa, Mônica de SouzaEsta monografia descreve o desenvolvimento de um artefato de representação geográfica aprimorada no ABVdb, focado nos vírus dengue, zika e chikungunya. O trabalho envolveu a extração, processamento e apresentação de dados georreferenciados em uma interface web renovada, com destaque para a funcionalidade de exportação de metadados clusterizados conforme filtros específicos e regiões geográficas. A avaliação do projeto, realizada com base na metodologia Design Science Research, incluiu uma comparação com a versão anterior do ABVdb e a aplicação de um grupo focal de profissionais, juntamente com a avaliação da usabilidade da interface utilizando o questionário Post-Study System Usability Questionnaire (PSSUQ). O resultado é uma plataforma que oferece representações geográficas mais precisas e detalhadas, otimizadas conforme os feedbacks recebidos, e que contribui para uma representação geográfica mais precisa e detalhada dos dados virais no ABVdb
- ItemEstudo da correlação entre frequência de códons em genomas virais e a abundância de espécies de RNA transportador cognato na célula hospedeira humana(UNEB, 2013-01-05) Fonseca, Vagner de Souza; Suárez, Diego Gervasio Frías; Cunha, Joana Paixão Monteiro; Restovic, Maria Ines ValderramaContextualização: A bioinformática é uma ciência multidisciplinar, que procura armazenar e relacionar os dados biológicos, utilizando o auxilio de métodos computacionais e matemáticos, subsidiando no reconhecimento de padrões que seriam difíceis sem a ajuda da tecnologia da informação. Pesquisas desenvolvidas nesta área utilizam, em geral, um volume considerável de informações que devem ser analisadas em conjunto para proporcionar inferências precisas sobre possíveis hipóteses e possibilitar assim a construção de novas teses. O armazenamento de informações em bancos de dados e a utilização de linguagens computacionais permite aos pesquisadores de todo o mundo compartilhar informações possibilitando aos mesmos estudar estruturas tridimensionais de moléculas, simular o metabolismo de células ao até mesmo desvendar a função biológica de determinada sequência de DNA. O estudo do genoma de patógenos, plantas e animais é uma linha de pesquisa em constante crescimento. Em particular o estudo do genoma de vírus e da evolução viral ocupa a atenção de muitos pesquisadores no mundo todo. Desde a descoberta do vírus da AIDS (Human Immunodeficiency Virus – HIV) nos anos 80 acentuou-se, ainda mais, o uso de sistemas computacionais para auxiliar no processamento de genomas virais, impulsionando a fusão da biologia com a informática. Problema Abordado: O objetivo deste trabalho foi o desenvolvimento de uma ferramenta de bioinformática para investigar a composição dos genes retrovirais no nível de códons e estabelecer sua compatibilidade com a maquinaria celular dos hospedeiros para síntese de proteínas. Os resultados deste estudo darão suporte teórico para o estudo de alvos de terapias antirretrovirais idealizadas pelos autores, baseadas na inibição seletiva de espécies de RNA transportador. Contribuição: Neste trabalho foi desenvolvida uma ferramenta WEB de bioinformática que permite estudar a frequência de códons nos genes do HIV e do vírus linfotrópico da célula humana (HTLV), assim como a frequência de genes de RNA de transporte no genoma do hospedeiro humano. Relevância: A ferramenta permitirá, graças a um procedimento implementado para atualização automática, realizar os estudos considerando todas as sequências virais existentes até o momento do estudo nos bancos de dados públicos. Desta forma os resultados terão maior representatividade e significância estatística, na medida que novas sequências sejam armazenadas nos bancos de dados.
- ItemEstudo de viabilidade do algoritmo Codon Based Unsupervised Classifications (CBUC)(Universidade do Estado da Bahia, 2024-07-09) Silva, Rickson; Restovic, Maria Ines Valderrama; Suárez, Diego Gervasio Frías; Fonseca, Vagner de SouzaEste trabalho validou o algoritmo CBUC para identificação de sequências de arbovírus, com ênfase no vírus Zika. Desenvolvido pelo Dr. Diego Gervásio Frias Suaréz, o CBUC utiliza aprendizado de máquina baseado no algoritmo PSRM para detectar padrões e agrupamentos genéticos. Utilizou-se um dataset do ABVdb contendo sequências genotipadas de Zika para agrupar genótipos de arbovírus e identificar novas sequências do Zika. Foram desenvolvidas duas interfaces, uma desktop e outra web, para uso do CBUC. Os resultados mostraram que o CBUC identificou 100% das sequências completas de até 8000 bases no dataset de teste, sugerindo sua eficácia na identificação de sequências completas do vírus Zika quando de tamanho similar às utilizadas no treinamento. Para avaliação da precisão, os resultados do CBUC foram comparados com os do Genome Detective, uma ferramenta que emprega métodos tradicionais. A comparação demonstrou que o CBUC apresenta resultados promissores e competitivos na identificação precisa de genótipos do Zika
- ItemFunregulation: construção de uma aplicação web (front-end) para visualização e manipulação de redes regulatórias de genes para fungos(Universidade do Estado da Bahia, 2023-07-12) Vieira, Samuel Santos; Lenz, Alexandre Rafael; Fonseca, Vagner de Souza; Suárez, Diego Gervasio FríasUm dos maiores desafios da biologia molecular é identificar as relações regulatórias entre genes reguladores da transcrição e seus alvos, pois a partir disso é possível compreender os fenômenos biológicos como, por exemplo, o crescimento e divisão celular. Através das Redes Regulatórias de Genes (GRN, do ingês Gene Regulatory Network) é possível entender qual é a influência de cada interação entre genes em um determinado organismo. Com esses dados, os pesquisadores podem obter avanços nos estudos científicos com um menor custo financeiro, já que o sequenciamento genético é um processo de alto custo. O objetivo deste trabalho é desenvolver uma solução de software para a visualização e manipulação de uma GRN. Essa solução contempla o front-end de uma aplicação Web, sendo responsável por permitir a visualização e a configuração das características da GRN de acordo com as necessidades do usuário. Para validar o funcionamento do sistema, foram construídas duas GRNs a partir dos fungos Madurella mycetomatis e Cordyceps militaris. Também foram realizados testes para apurar se o carregamento da GRN é eficiente em termos de tempo e memória. A aplicação Web front-end FunRegulation, para visualização e manipulação de GRNs de fungos contribui para que seja possível entender a relação entre genes nesses seres vivos. O projeto da jornada do usuário contribuiu para a decisão da disposição das funcionalidades construídas para o sistema. A realização dos testes de carregamento das duas GRNs geradas demonstrou a funcionalidade da arquitetura para visualização de redes construída com o Cytoscape.js, e também mostrou a eficiência de carregamento das GRNs em termos de tempo e memória. Considera-se que todos os objetivos propostos para a elaboração deste trabalho foram alcançados.
- ItemKingfungi: um pipeline para prospecção de cogumelos com capacidade de acúmulo de micronutrientes(Universidade do Estado da Bahia, 2024-03-12) Souza, Reinilson Bispo de Assis; Lenz, Alexandre Rafael; Fonseca, Vagner de Souza; Pires, Acássia Benjamim LealAtualmente, no mundo, o problema da fome assombra milhares de lares. No Brasil, no ano de 2022, foi registrado que 33,1 milhões de brasileiros viviam em insegurança alimentar. Cogumelos comestíveis podem revelar uma possível solução para esse problema através de novas fontes de alimento, levando em consideração que podem ser produzidos em larga escala em ambiente urbano e com poucos recursos. Além disso, os cogumelos podem acumular micronutrientes e outros elementos essenciais para nutrição humana. Este estudo descreveu o desenvolvimento da aplicação web KINGFUNGI, visando à identificação de proteínas transportadoras de micronutrientes e outros elementos essenciais à saúde humana em genomas de fungos, especialmente cogumelos. Com base em uma revisão abrangente da literatura, foram empregadas técnicas avançadas de bioinformática e análise de dados genômicos para propor um método computacional destinado à localização de genes-alvo nos genomas fúngicos. Adotando a abordagem de Design Science Research (DSR), essa metodologia gerou um artefato tecnológico (KingFungi), sustentado por Objetivos e Resultados Chave (OKR) para monitorar o progresso do projeto através da plataforma Trello. O KINGFUNGI desdobrou-se em seis estágios interconectados, utilizando o módulo Chain do Celery para análise sequencial e ordenada de genomas de fungos. Para isso, foram utilizados os softwares DeepTMHMM, para identificar proteínas transmembrana, e Mebipred, para identificar proteínas que se ligam a íons de metal. A validação do método proposto, utilizando dados do GenBank, empregou 3 genomas de fungos do filo Basidiomycota, espécies de cogumelos comestíveis de 3 diferentes ordens, demonstrando sua eficácia e precisão na identificação de proteínas associadas à absorção e acumulação de micronutrientes e outros elementos essenciais em cogumelos através da ligação a íons de metal. As análises realizadas constataram que o KINGFUNGI conseguiu identificar 10 elementos, sendo 8 micronutrientes e 2 elementos essenciais. Como exemplo, temos o proteoma do cogumelo Agaricus bisporus, popularmente conhecido como Cogumelo Paris ou Champignon, que revelou a presença de 1536 proteínas transmembrana. Destas, foram identificadas apenas aquelas que têm capacidade de se ligar a íons metálicos, com as seguintes quantidades previstas: cálcio (5 proteínas), cobalto (6 proteínas), cobre (20 proteínas), ferro (9 proteínas), potássio (30 proteínas), magnésio (2 proteínas), sódio (1 proteína) e zinco (4 proteínas) entre os micronutrientes, e manganês (20 proteínas) e níquel (30 proteínas) entre os elementos essenciais. Esta pesquisa pode contribuir de forma significativa para o avanço do conhecimento sobre espécies de cogumelos comestíveis e como a suplementação do substrato para produção pode gerar novas fontes de alimento ricas em nutrientes, podendo contribuir para a mitigação da insegurança alimentar. O KingFungi está disponível no repositório do Grupo de Pesquisa em Bioinformática e Biologia Computacional- G2BC, GitHub: https://github.com/G2BC/KingFungi.
- ItemMétodo para comparação da evolução de linhagens virais com vistas a identificar as potencialmente pandêmicas(Universidade do Estado da Bahia, 2019-09-04) Santos, Daiane Rose dos; Frias, Diego; Restovic, Maria Ines Valderrama; Fonseca, Vagner de SouzaO vírus da gripe A é responsável por epidemias anuais e pandemias ocasionais de doença em seres humanos. A evolução contínua dos genes antígenos, Hemaglutinina e Neuraminidase, em mamíferos provoca mudanças antigênicas com a aquisição de virulência. Neste trabalho pretende-se revisar a evolução dos genes externos que medem a mudança dos padrões de uso dos códons nas quatros principais linhagens de vírus que causa epidemias graves nos seres humanos: os subtipos H1N1, H2N2, H3N2 e H5N1. Para medir essa alteração será introduzido um índice que quantifica a dissimilaridade entre a utilização de um codão de um gene ou região de um gene de uma estirpe viral em relação ao uso do códon da espécie hospedeira. Traçando o índice em relação ao tempo de isolamento, pode-se obter tendências evolutivas específicas de linhagem em vírus de mamíferos, mas não em cepas de aves que confirmam a estabilidade estacionária do vírus da gripe em seu reservatório natural. No estudo será utilizado o conjunto completo de dados de seqüência de influenza A disponíveis em uma data que será especificada. A principal contribuição deste trabalho é a quantificação da mudança de composição que uma nova cepa precisa ter para iniciar uma pandemia. Além disso, os resultados mostram que o índice de dissimilaridade do códon pode ser usado para a classificação rápida e confiável de genes de origem suína e H1N1 sazonais
- ItemModelando a dinâmica de transmissão do MPOX entre humanos: um modelo compartimental com redes de populações conectadas(Universidade do Estado da Bahia, 2023-12-06) Santos, Vitor Manoel Pereira dos; Suárez, Diego Gervasio Frías; Restovic, Maria Ines Valderrama; Fonseca, Vagner de Souza; Araújo, Wildo Navegantes deNeste estudo, concentramos nossa atenção no mpox, um vírus que desencadeou preocupações significativas nas autoridades de saúde global, especialmente após o surto de 2022 que afetou regiões não endêmicas, especialmente entre a população de HSH na América Latina. Nosso objetivo foi desenvolver um modelo matemático diferencial compartimental baseado em redes de contato para descrever a dinâmica do mpox. Utilizando dados dos casos ocorridos durante o surto de 2022 em países latino-americanos, nossa pesquisa buscou compreender e prever o comportamento da doença. Os resultados obtidos indicam que nossa abordagem inovadora foi eficaz na descrição da dinâmica epidemiológica do mpox. Conseguimos reproduzir com precisão os casos reais no Brasil, Colômbia, México, Peru e Estados Unidos, países analisados neste estudo. Além disso, pudemos estimar parâmetros epidemiológicos por meio da análise e mineração de dados reais fornecidos por órgãos de saúde. No entanto, enfatizamos a necessidade de dados mais confiáveis para uma melhoria contínua dos resultados. Além disso, ressaltamos a importância de investigações futuras para aprimorar a estimação do número de redes populacionais conectadas, a fim de fortalecer nossa compreensão e gestão eficaz de epidemias como o mpox.
- ItemProjeto hermes: identificação de ondas para análise descritiva e preditiva do quadro epidemiológico da covid-19(Universidade do Estado da Bahia, 2021-07-12) Rosário, Pedro Jesus do; Souza, Leandro Santos Coelho de; Souza, Marcia São Pedro Leal; Cardoso, Hugo Saba Pereira; Mercês, Magno Conceição das; Fonseca, Vagner de Souza; Ramalho, Walter Massa; Oliveira, Silvano Barbosa de; Suárez, Diego Gervasio FríasO presente trabalho tem como objetivo apresentar um estudo sobre o uso de funções sigmoides, com foco na função de Richards e suas derivações, para modelar a trajetória da pandemia da COVID-19. A partir dos trabalhos já publicados com o objetivo de modelar epidemias e pandemias, é possível identificar a existência de uma quantidade considerável de pesquisas acerca da capacidade descritiva, isto é, a eficácia em representar a trajetória de uma determinada epidemia dentro de um intervalo de tempo definido (também conhecido como onda), de modelos baseados em funções de crescimento sigmoides. No entanto, poucos destes trabalhos possuem foco na COVID-19, tampouco propõem uma análise sobre a capacidade preditiva, isto é, a capacidade de projetar o cenário futuro de uma pandemia com base no seu histórico, dos modelos anteriormente citados. Das pesquisas que visam a realização de predições de quadros epidemiológicos, pôde-se provar que é possível projetar, em até 45 dias pra alguns casos (entendase casos como cidades, estados, países ou regiões), o cenário de um determinado surto de doença, por meio de regressões não-lineares baseadas em funções sigmoides. Desta forma, a presente pesquisa descreve a análise do poder de predição de um modelo baseado na função de Richards, por meio da construção de uma interface gráfica interativa, trazendo além dos resultados dos testes de usabilidade, uma análise da variação de eficácia do modelo em questão quando aplicado a diferentes fases da pandemia, bem como a diferentes regiões do mundo.
- ItemTécnicas de análise de dados textuais em bases de dados científicos para coleta de metadados para os genomas presentes no ABVDB(Universidade do Estado da Bahia, 2023-12-06) Mercês, Ramon Campos; Restovic, Maria Ines Valderrama; Fonseca, Vagner de Souza; Suárez, Diego Gervasio FríasEsta monografia propõe o desenvolvimento de um artefato, criado no âmbito da metodologia Design Science Research (DSR), que emprega o modelo Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) para identificar e classificar quadros sintomatológicos em textos científicos disponíveis no PubMed. Este artefato é desenvolvido tendo como referência os sintomas fornecidos pelo ABVdb. A aplicação desta técnica visa facilitar o acesso e a compreensão de informações pertinentes ao estudo de arbovírus, contribuindo assim para avanços significativos na área da saúde pública. O objetivo central é validar a eficácia do modelo BERT na identificação e análise semântica de artigos científicos, estabelecendo correlações com sintomas específicos de arbovírus