A substituição da vegetação natural em diferentes usos do solo para a agricultura, bem como a classe de solo, pode influenciar na dinâmica da matéria orgânica do solo (MOS), consequentemente nos estoques de Carbono e Nitrogênio. Esta pesquisa teve como objetivo avaliar as modificações nos estoques de carbono e nitrogênio em diferentes classes e usos do solo no Cerrado do oeste da Bahia. Foram selecionadas as duas classes de solos mais representativas do Cerrado da Bahia, sendo: Solos pouco intemperizados (Neossolo Quartzarênico - NQ) e solos bem intemperizados (Latossolo Vermelho - LV). Em cada classe de solos foram escolhidos os ambientes com diferentes usos do solo, sendo: área sob pastagem (APA), área sob plantio convencional (APC), área sob plantio direto (APD) e área sob vegetação nativa de Cerrado strictu sensu (ACN). Foram coletadas amostras em cada uso do solo nas seguintes profundidades: 0-10, 10-20, 20-40, 40-60, 60-100 cm, para o Neossolo, e 0-10, 10-20, 20-40, 40-60 cm, para o Latossolo. Foram determinados os teores de COT e Nt. A partir dos valores encontrados, determinou-se os estoques de carbono e nitrogênio, através da massa equivalente. O delineamento utilizado foi o inteiramente casualizado. Os resultados foram submetidos a análise de variância e as médias comparadas pelo teste de Tukey a 5% de probabilidade. Como análise complementar foi utilizada a técnica multivariada, aplicando a análise de cluster, para verificar a dissimilaridade entre os tratamentos. No Neossolo Quartzarênico, a APD, APA e APC não causou alterações nos estoques de carbono e nitrogênio no solo acumulado até 1m. No Latossolo Amarelo, a APA, APD equilibraram-se, em relação a ACN, os estoques de carbono no solo acumulados até 0,60m. APD, APA e APC reduziram os estoques de nitrogênio no solo, no Latossolo Amarelo. Os usos do solo estocaram mais carbono e nitrogênio na superfície do solo (0,00-010m) com redução nas camadas mais profundas, no Latossolo Amarelo.