O ensino de Ciências Biológicas tem sido motivo de grandes preocupações para pesquisadores em educação nas últimas décadas. Em virtude da utilização de termos técnicos associada às metodologias de ensino atualmente utilizadas, o desafio para professores desta ciência é considerado amplo e complexo. Estudos demonstram que recursos didáticos são instrumentos pedagógicos capazes de promover o aprendizado de maneira lúdica e interessante, munindo os profissionais com ferramentas atuais e eficientes, promovendo junto aos estudantes ganhos significativos na relação ensino-aprendizagem. O presente trabalho teve como objetivo desenvolver estratégias inovadoras no uso de recursos didáticos para o ensino de Ciências Biológicas. Para tanto, foram produzidos e/ou utilizados modelos didáticos, jogos educativos, cartilhas em quadrinhos e o software aplicativo Scratch como estratégias didáticas, aplicadas em aulas públicas. Para verificar o ganho do aprendizado os participantes da pesquisa foram divididos em dois grupos, controle que permaneceu utilizando a metodologia tradicional e teste submetido às inovações metodológicas. Para acesso às informações foram utilizados dois questionários, o questionário inicial para averiguar o conhecimento prévio dos estudantes sobre os fungos e para realizar o levantamento sociodemográfico e o questionário final, para perceber o que foi modificado/acrescentado no conhecimento dos estudantes sobre o conteúdo trabalhado. A análise dos dados obtidos revelou ganho expressivo no aprendizado do grupo teste quando comparado ao grupo controle. O uso de estratégias inovadoras mostrou-se de grande aceitação pelos estudantes. É importante perceber que para compreender o uso destes instrumentos nas práticas pedagógicas de ciências e biologia, enquanto contribuição para a aprendizagem satisfatória será necessário contornar dificuldades de interpretação dos conceitos biológicos pelos estudantes. Torna-se fundamental preencher lacunas existentes do ensino-aprendizagem nesta área, direcionando os futuros profissionais da área do ensino de ciências e biologia a ampliar seus métodos de ensino e seus recursos didáticos. Desta forma, pode-se concluir que a utilização de estratégias inovadoras no uso de recursos didáticos se apresenta como ferramenta capaz de promover melhorias para o ensino-aprendizagem de Ciências Biológicas.