As doenças pulpares e periapicais têm origem na colonização microbiana dos canais radiculares. Durante o tratamento endodôntico, o conteúdo existente do interior do canal radicular deve ser removido para o reestabelecimento da saúde do dente e da região periapical. O hipoclorito de sódio e o hidróxido de cálcio, são adjuvantes terapêuticos nas condutas endodônticas. Recentemente, o ozônio ganhou impulso e desponta como terapia promissora na Endodontia. Objetivo: Este estudo avaliou a atividade antimicrobiana de água ozonizada e de óleos ozonizados em canais radiculares infectados com Enterococcus faecalis, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus e Candida albicans. Materiais e Métodos: Foram utilizados 84 pré-molares inferiores humanos, divididos em 4 grupos com 7 dentes cada, de acordo com o micro-organismo a serem desafiados: grupo 1 – Candida albicans; grupo 2 – Staphylococcus aureus, grupo 3 – Enterococcus faecalis e grupo 4 – Pseudomonas aeruginosa. Cada dente recebeu um dos cinco medicamentos além dos controles positivo e negativo. Resultados e Discussão: A atividade antimicrobiana dos óleos ozonizados na desinfecção dos canais radiculares foram comparáveis àquelas estabelecidas pelos adjuvantes terapêuticos em uso, hipoclorito de sódio e do hidróxido de cálcio. Conclusão: O uso do ozônio está em franca expansão na literatura como possível adjuvante terapêutico, sendo prospectado como importante conduta na Endodontia. O óleo de girassol e o azeite de oliva ozonizados estão como estruturas promissoras para o entendimento de novas rotas metabólicas e condutas adicionais na Endodontia.